Das Präsidium besteht aus der*dem Präsident*in, bis zu drei Vizepräsident*innen und bis zu zehn weiteren Mitgliedern. Mindestens die Hälfte der Mitglieder des Präsidiums müssen Frauen sowie zwei Vertreter*innen der Jungen Humanist*innen, je ein Mitglied aus Berlin und Brandenburg, sein. Mitglieder des Vorstandes sowie Personen, die beim Landesverband oder einer seiner Untergliederungen in einem Beschäftigungsverhältnis stehen, können nicht ins Präsidium gewählt werden. Die Aufgaben des Präsidiums sind in der Satzung des Humanistischen Verbandes Berlin-Brandenburg KdöR definiert.
Die Amtszeit der Präsidiumsmitglieder beträgt drei Jahre. Das Präsidium bleibt bis zur Bestellung eines neuen Präsidiums im Amt.